根据中共中央“团结、教育、改造知识分子”的政策和“关于在学校进行思想改造和组织清理工作的指示”精神,1952年5月至8月,即院系调整完成前,医院党小组随学校开展了思想改造运动。学校成立了学习委员会,并设办公室进行具体领导,运动分为动员、思想检查和忠诚老实交待三个阶段。医学生被派到医院帮助医护员工进行整改。通过学习,开展批评和自我批评等自我教育,职工对思想上存在的单纯技术观点、不问政治的倾向、轻视劳动和劳动人民的思想以及名利思想、个人主义等进行自我批评。在思想改造运动的基础上,医院随学校顺利进行了全国高等院校院系调整,为人民政府接办,并为以后端正医院办院方针和明确服务方向起到相当大的作用。